1969年3月间，鲍威尔在阿马里克尔师师部工作，西贡美军司令部监察长办公室的一名军官来到他的办公室，要他在部队的档案中查找关于某个死亡人数特别高的日子的纪录。鲍威尔翻查了日志，为调查员找到了1968年3月16日的日志，那天，美军一个排记录他们在巴唐安半岛上击毙了128名敌人。据鲍威尔的叙述，直到几个月后，独立记者西摩·赫什的新闻报道披露了“梅莱大屠杀”的细节，他才明白监察长当时调查的是什么。阿马里克尔师一个由威廉·卡利上尉指挥的排开枪打死了347名手无寸铁的越南人，其中大部分人是老人、妇女和儿童。

    鲍威尔是“梅莱大屠杀”三个月之后到的越南。但是，有证据显示，他并非像他的叙述所暗示的那样，对阿马里克尔师向平民施暴的指控一无所知。1968年11月，在与卡利同一个旅但不同的排里服役、正在回国途中的专业技术四等兵汤姆·格伦，给驻越美军司令官克莱顿·亚伯拉姆斯上将写了一封信，称美军屠杀了平民和俘虏。他说，有的部队“任意向越南人的住宅射击，在没有受到挑衅或者没有正当理由的情况下，便向人群开枪……［这些行为］部队各级官兵都这么干，因此说明这是得到批准的政策”。格伦的信没有具体点出梅莱或者卡利排的名。

    该信被转到阿马里克尔师师部，鲍威尔被指定进行调查并考虑如何回复。鲍威尔很快就把信给处理了。4天后，鲍威尔跟格伦的指挥官谈了话，然后起草了一封回信，信中称指控并不属实。鲍威尔写道，有可能发生过美军施暴的“孤立事件”，不过都已经进行了惩罚。“……阿马里克尔师的士兵与越南人的关系非常好，”他补充道。格伦很快收到一位美国将军写的内容完全相同来信。
格伦提出的指控就这样不了了之了，因为它缺乏细节。作为一名有前途的年轻参谋军官，鲍威尔对调查关于美军胡作非为的含糊但却令人不安的指控并不热衷。直到后来另一名士兵、专业技术四等兵罗恩·莱登诺尔给他家乡的国会议员写信并因此引发陆军对此进行调查之后，“梅莱大屠杀”的细节才传出阿马里克尔师。

    在海外第二次服役的过程中，鲍威尔营救了他的指挥官盖提斯将军，在将军和另外两名美国人搭乘的直升机撞上一棵树并坠毁之后，他将他们拖到安全地带，因此被授予功勋奖章。乘坐同一架直升机的鲍威尔摔断了脚踝。1969年夏天，他结束了在海外的服役期，动身离开越南。

    鲍威尔仍然怀着对文职官员不珍视自己的自由和安全那种传统的反感。林登·约翰逊在1968年宣布不竞选连任时，鲍威尔认为这是一个颇具“政治家风度的姿态”，但是“收拾行装，打道回府，重归牧场［原文如此］，这并不是职业军官或者应征入伍的美国人能够做出的选择”。

    然而，第二次海外服役结束，鲍威尔从越南回国时，对战争本身和美国打这场战争的方式，也有了更广泛、更冷峻的判断。鲍威尔的一些结论为后来几代美国人所熟知，因为所谓的“温伯格主义”(鲍威尔时任国防部长卡斯珀·温伯格的军事顾问)和后来所谓的“鲍威尔主义”(当他担任参联会主席之后)的国防部方针里都包括了他的这些结论。最主要的观点是必须有明确的目标，有美国公众的支持，运用压倒敌人的力量。“战争应该是政治的最后手段，”鲍威尔在第二次派往越南服役之后这样认定，“在我们走向战争时，我们必须有一个我们的人民理解并且支持的目标；我们必须动员国家的资源来完成这一使命，然后去打赢这场战争。”

    鲍威尔从越战中还汲取了其他一些教训。美国的军事领袖们需要恢复元气，美军的文化需要改变；高级军官满脑子都是奖章、晋升和诸如死亡数字一类虚假的统计数字。军事领袖们需要对文职领袖讲真话，而不能支持那些“缺乏支持、并非全心投入的战争”。20年之后，作为美国历史上最有权威的参联会主席，鲍威尔得以将这些关于需要强有力和独立的军事领导的思想付诸实践。

    最后，鲍威尔是怀着对打仗和送死的主要是那些比较贫穷、受教育程度较低的美国人的现象深深的不公平感离开越南的。“这么多权贵子弟，这么多职业运动员……设法挤进了后备役部队和国民警卫队，我深感愤慨，”他写道。