到达芝加哥大学后，沃尔福威茨与施特劳斯的关系并不特别密切。这位教授在芝大的执教生涯已近尾声，沃尔福威茨还没念完研究生，他便离开了。沃尔福威茨修了施特劳斯的两门政治理论课，一门是关于柏拉图的，另一门是关于孟德斯鸠的。他曾一度考虑跟另一位教授、正在将施特劳斯的思想用于美国政治的赫伯特·斯托林写论文。不过，按照沃尔福威茨那时结识的朋友彼得·威尔逊的说法，沃尔福威茨当时并不怎么谈论施特劳斯；此外，沃尔福威茨在政治上并不活跃，甚至没有自认为是保守派。当时在威尔逊眼里，沃尔福威茨似乎是一位中间派，一个很能适应温和派共和党人的传统的人。

    在随后的年代里，政府和学术界的同事都逐渐把沃尔福威茨看做是列奥·施特劳斯思想传统的继承人。“沃尔福威茨仍然是主要的施特劳斯主义者，”前美国驻联合国大使珍妮·柯克帕特里克在2002年的一次采访中评论道。沃尔福威茨在谈论外交政策时提及的一些论点带有明显的施特劳斯思想的色彩：他强调要推翻暴政、谴责邪恶；他认为专制制度的运作从根本上不同于民主制度；认为自由民主国家及其情报机关有可能受到专制者的有意蒙蔽等等。沃尔福威茨最初在冷战时期将这些思想运用于苏联，接着在若干年后，又用于萨达姆·侯赛因的伊拉克。

    随着他自身事业的发展，沃尔福威茨开始拉大与施特劳斯的距离。“我不太喜欢这个［施特劳斯主义者的］标签，因为我一点也不喜欢标签那类的东西，”他在一次采访中说道。实际上，从一开始念研究生，沃尔福威茨便开始受到一个新的领域——核战略——的吸引，开始投到一位新的导师的门下，他就是芝加哥大学的另一位教授，名叫艾伯特·沃尔斯泰特。

    1965年夏季，在为新研究生举办的第一次教职人员茶话会上，沃尔斯泰特曾经询问过他是否认识一个名叫“杰克·沃尔福威茨”的人。“那是家父，”沃尔福威茨答道。“我在哥伦比亚大学跟他念过数学，”沃尔斯泰特说。在康奈尔大学短暂造反之后，保罗·沃尔福威茨开始浪子回头了。
艾伯特·沃尔斯泰特是能够得到数学家雅各布·沃尔福威茨称许的那类学者，如果他允许自己称许政治学界的任何人的话。沃尔斯泰特的经历显示，人们是可以将数学、自然科学和公共政策有用地相结合的。他在纽约市长大，就读于纽约城市学院，在哥伦比亚大学攻读研究生。50年代初，他已经在位于圣莫尼卡、承接美国空军合同的独立智库兰德公司安顿下来。在这个位置上，沃尔斯泰特崭露头角，成为美国在核战争理论与战略方面首屈一指的专家。他在50年代初富有开创精神的研究显示，当时，作为发生核大战时美国的战略支柱——美国战略空军司令部的海外基地，有可能遭受像日本袭击珍珠港那样的来自苏联的突然袭击。从那时起，沃尔斯泰特便潜心研究美国有可能遭受打击的概念，并在此过程中，成为一群研究国防问题的观点倾向保守的知识分子的核心人物，这些人包括赫尔曼·卡恩这个被认为是同名影片中的主人公斯特兰格罗夫博士的原型的人。

    60年代后期，沃尔斯泰特开始在芝加哥大学讲授政治学，吸引了不少像保罗·沃尔福威茨那样的学生，他们不仅潜心于理论，也渴望在实际应用上有所作为。沃尔斯泰特主要推动的是防止核扩散。60年代后期的某个时期，沃尔斯泰特访问以色列归来，他对他所看到的核计划可能扩展到中东地区的危险感到焦虑不安。

    50年代以来，美国政府一直讨论在以色列与埃及和约旦边界建立核能脱盐站，以此来推动以色列与阿拉伯人之间在水和灌溉等问题上形成一种合作精神。这些脱盐厂的目标是崇高的，但是，它们也会制造出一种副产品——钚。沃尔斯泰特担心，钚终究会被用于开发核武器的计划。到60年代中期，一家美国公司——凯瑟工程师联合公司具体建议在以色列搞一个大型核脱盐项目。沃尔斯泰特带回了有关这个问题的一套文字材料。他问沃尔福威茨懂不懂希伯来语。沃尔福威茨说他懂。这些材料便成为沃尔福威茨博士论文的起点。

    沃尔福威茨的博士论文详细地驳斥了建立核能脱盐站的想法，他的理由是建立脱盐站的好处被夸大，核扩散的危险太大。他论述了进行有效国际核查的困难、秘密转移核材料的风险，以及帮助一个国家改进核科学的技术和科学能力的危险，所有这些问题在未来数十年里一再出现。

    现在回想起来，似乎特别值得注意的是，沃尔福威茨对核扩散提出的警告，在当时既适用于色列，也适用于阿拉伯国家。沃尔福威茨尤其反对以色列拥有核武器。“根本问题在于，任何以色列的核力量都将不得不相对地依赖于运载系统，这些运载系统甚至会受到常规武器的攻击，”沃尔福威茨在论文中写道，“……以色列对阿拉伯城市的核威胁将削弱以色列的常规军事实力，因为它会割断以色列与西方友好国家的联系，鼓励甚至是逼迫苏联替阿拉伯人进行更积极地干预……以色列的核武器会迫使阿拉伯人竭力获取核武器，如果不是从苏联那里，也会在以后从别国那里获取，或者依靠自力更生发展核武器。”果不其然，70年代初，沃尔福威茨的论文完成之后，以色列的确发展了核武器。它的阿拉伯邻国开始考虑效法以色列，某个阿拉伯政府也就是伊拉克开始致力于发展自己的核武器，正像沃尔福威茨预言的那样。在以后的年代里，至少在公开场合，沃尔福威茨很少承认他反对过以色列发展核计划，也不承认以色列起了刺激中东其他国家与之较量的作用。

    沃尔福威茨的博士论文成为他的思想发展的另一个重要阶段。在职业生涯的最初阶段，他主要关注的是中东核武器计划的危险问题。在当时，这还是不太引人注意的议题，但在后来30年里，正是这个议题一直纠缠着美国的外交政策，消耗了沃尔福威茨本人大量的时间和精力。