1566年4月5日，“贵族同盟”中的300多人联合行动向玛格丽特呈递请愿书，提出废除“血腥敕令”，召开三级会议，撤走西班牙驻军，免除格兰维尔的职务等项要求。骄横的西班牙统治者拒绝了他们的要求，西班牙大臣还骂他们是一群“乞丐”。后来争取尼德兰民族独立斗争的人就幽默地自称为“乞丐”，并以乞食袋作为“贵族同盟”的标记，以表示西班牙的异族残酷压榨把尼德兰变成了乞丐。

    在尼德兰民族独立的过程中，卡尔文教起到了指导者和组织者的作用。它以传教集会形式宣传反西班牙异族统治。从1561年起，卡尔文教徒在弗兰德尔、不拉奔、荷兰、安特卫普等地攻破监狱，拆掉火刑柱，甚至公开进行暴动。

    荷兰的独立战争开始于1566年8月11日南方的弗兰德尔地区自发的群众起义，起义者捣毁圣像、十字架和祭器，没收教会财产，焚烧教会债券和地契，锋芒直指西班牙统治的精神支柱――天主教会。历史上称这次起义为“破坏圣像运动”。运动从南部开始迅速扩展，很快席卷了不拉奔、西兰、荷兰、弗里斯兰等12个省区，参加者达数万人。起义者不仅限于捣毁教堂和寺院，还打开监狱释放被囚禁的新教徒，并强迫市政当局停止迫害新教徒，承认新教徒信仰自由，限制天主教教职人员的活动。汹涌澎湃的群众运动，开始了尼德兰人民争取独立的“80年战争”。

    在巨大的压力面前，总督玛格丽特一度做出让步，于8月23日颁布“协议会”，被迫答应暂停宗教裁判所的活动，允许卡尔文教徒在指定地点作礼拜，并赦免“贵族同盟”的成员。但后来，这些让步都被撤回。新教运动的领袖们在安特卫普召开会议，决定用武力保卫自己的宗教。这时贵族发生了分裂，一部分主张维护秩序的人倒向政府，另一部分坚持改革的贵族如威廉·奥兰治被迫流亡。

    面对尼德兰的混乱形势，菲利浦二世咬牙切齿地说，要“砍下每一个应该处死的人的脑袋”，派遣新总督阿尔法公爵率领18000名的军队杀气腾腾地来到尼德兰。8月22日占领布鲁塞尔，并在许多大城市和战略要地布防。阿尔法设立有名的“除暴委员会”，史称“血腥委员会”，大肆迫害起义者，短短时间内便处死了1000多人。阿尔法宣称：“必须使每一个人经常生活在恐怖之中，时刻担心屋顶会塌到他的头上”，“宁把一个贫穷的尼德兰留给上帝，也不把一个富庶的尼德兰留给魔鬼”，为了杀一儆百，连一些已倒向政府的贵族如埃格蒙伯爵、荷恩大将以及安特卫普市的市长斯特拉连等20多位贵族都被送上断头台。在镇压中，成千上万人被逮捕，共有1万多人被杀害，大路旁风车上都挂着被害者的尸体。9000多人的财产被全部没收，白色恐怖笼罩着整个尼德兰。

    阿尔法为了从经济上打击尼德兰，于1569年3月颁布新税制：(1)各种动产和不动产的财产都征收1％的财产税；(2)土地买卖征收5％的转卖税；(3)商品交换征收10％的交易税。仅第一项一年就搜刮到330万佛洛林。高额税收使贸易停顿，工商业破产，尼德兰经济受到致命打击。在阿尔法总督的残酷镇压下，有十几万不屈服的贵族和资产阶级相继逃亡国外。贵族联盟首领威廉·奥兰治逃到他的德国领地拿骚，在那里联系德国新教徒诸侯和法国胡格诺贵族，期望得到他们的援助。1568年，阿尔法下令要他前往“除暴委员会”受审。作为回应，威廉率领3万名雇佣军杀回尼德兰，结果却失败了。以后他又多次带兵回尼德兰进攻西班牙军队，都没有成功。

    因镇压有功，阿尔法受到罗马教皇和菲利浦二世的特殊嘉奖。他在安特卫普市竖起了自己的纪念像，在他的脚下匍匐着象征异端和暴动者的两个戴假面具的多尔人，这是对尼德兰民族尊严的极大蔑视，激起了全民族的更大义愤。独立战争向纵深发展，在南方佛兰德尔一带的密林之中，有“森林乞丐”；在北方的荷兰、西兰、弗里斯兰等地的水手、渔民、码头工人组成“海上乞丐”。随着各地斗争的不断取得胜利，参加的人越来越多，一些逃亡国外的贵族和资产阶级人物，也回来参加游击战争，并且逐渐取得了领导地位。如1570年威廉向“海上乞丐”颁发特许状，委任指挥官和舰长，还规定战利品的1／3上缴。“海上乞丐”接受了奥兰治家族的三色旗和命令。